Фильм начинается картиной из далекого прошлого. Времена зарождения человечества, ледниковый период. Два первобытных человека бегут по снежной пустыне. Они находят ледяную пещеру, в которой спрятан космический корабль пришельцев. В пещере они находят своего сородича, замороженного в каком-то сосуде. Внезапно, на них нападает омерзительное существо. В результате непродолжительной борьбы оно погибло, успев убить одного человека. Второй человек стал наблюдать как из инопланетянина сочится черная маслянистая жидкость. Эта жидкость, будто разумное существо, стала двигаться к человеку и завладела его телом.

Наше время. В месте, где когда-то произошли странные события больше нет снега, ведь это штат Техас. В пещеру проваливается мальчик и находит там человеческие кости. Его радует необычная находка, но... снова повторяется история с черной жидкостью. Все это произошло на глазах у его друзей, которые остались на поверхности. Через некоторое время на это место приехали пожарные, чтобы достать мальчика из пещеры. Троих пожарных постигла та же участь. Потом прилетел вертолет, из которого вышли люди в скафандрах. Они забрали людей, инфицированных черной жидкостью. Потом приехали огромные грузовики, был объявлен карантин, началось строительство пластиковых гирметичных куполов над пещерой.

Тем временем, Скалли и Малдер, вместе с другими агентами ФБР, занимаются поиском бомбы, которая, якобы, установлена террористами в одном из небоскребов Далласа. Абсолютно случайно, Малдер находит эту бомбу в соседнем здании. Скалли устраивает экстренную эвакуацию и вызывает остальных агентов. В здании остается лишь один агент, заявивший, что обезвредит бомбу. Но он даже ничего не предпринял. Прогремел взрыв.

Скалли и Малдера допрашивает комиссия в штаб-квартире ФБР. Оказалось, что в здании погибли пожарные и мальчик (побывавшие в пещере). Комиссия решила перевести Скалли в другой филиал бюро. С горя, Малдер решил напиться... и напился. В баре его встречает некий Доктор Куршвел и рассказывает о том, что взрыв был спланирован кем-то "сверху". Цель взрыва - скрыть тела пожарников и мальчика. В 3 часа ночи Малдер наносит визит Скалли. Они отправляются в госпиталь, где находится тело одного пожарника, которое вытащили из-под обломков здания. Результаты вскрытия поразили Скалли. Малдер снова встречается с Куршвелом.

В это время, купола над пещерой посещает Курильщик. Ему показывают зародыша инопланетянина, развивающегося в теле человека. Черная жидкость (черный рак) является носителем разума инопланетян. На этот раз, черный рак мутировал и представляет особую угрозу для людей, потому что теперь он несет еще и функцию спермы. Курильщик приказывает протестировать на зародыше вакцину против черного рака.

Скалли и Малдер узнают координаты пещеры, а в это время, там происходит досадное событие. Новорожденный инопланетянин напал на одного из служащих купола. После этого, купола разобрали, а пещеру засыпали. Курильщик вызвал Опрятного Человека на собрание консорциума в Лондоне. Ему поручили "убрать" Малдера и Куршвела. Собрание решило обезопасить пран выращивания инопланетных чудовищ. Скалли и Малдер прибыли на место, где недавно была обнаружена пещера, но следов не осталось. Местные детки подсказали где искать. Исколесив вдоль и поперек пустыни Техаса, они наконец-то напали на след. Агенты нашли гигантские белые купола в кукурузном поле, посреди пустыни. Забравшись внутрь, они обнаружили, что купола предназначены для разведения пчел. Они с трудом выбрались оттуда.

Позже, когда Скалли все-таки объявили о переводе в другой отдел, она пришла к Малдеру, чтобы рассказать об этом. Расчувствовавшись, они готовы были поцеловаться, но в этот момент Скалли ужалила пчела, притаившаяся в одежде. Ее, внезапно, поразила какая-то болезнь. Малдер вызвал скорую помощь, но вместо нее приехали люди Курильщика, переодетые в медиков. Один из них выстрелил, ранив Малдера.

Малдер очнулся в больнице, в окружении Одиноких Стрелков. Малдер решил поговорить с Куршвелом, чтобы узнать где искать Скалли. В это время Опрятный Человек убивает Куршвела. Потом, он приглашает Малдера в свою машину. По дороге, Опрятный Человек рассказывает Малдеру длинную историю об инопланетянах, о заговоре, о колонизации Земли. Объяснив, что не согласен с политикой Консорциума, в котором состоит он отдал Малдеру вакцину против черного рака и координаты Скалли. Чтобы избежать расправы своих коллег, Опрятный Человек покончил с собой, взорвав машину.

Малдер отправляется в Антарктиду. Он попадает в подземелье. Там он находит огромное число коконов с людьми, внутри которых зарождаются инородные организмы. Он находит Скалли, разбивает ее кокон и вводит ей вакцину. Проникновение вакцины моментально распространяется на все подземелье. Вся система оказалась единым организмом, за которым присматривают люди Курильщика и его коллег. Все начинает рушиться. Персонал подземной лаборатории разбегается. Малдер и Скалли, спасаясь от рождающихся инопланетных тварей, с трудом выбираются из подземелья. Повалившись на снег от усталости они наблюдали незабываемую картину взлета огромного космического корабля пришельцев, который покоился в льдах. Оставив не менее огромный котлован, корабль улетел. Консорциум постарался замести все следы. У Скалли и Малдера, как всегда, не осталось веских доказательств, для подтверждения своих слов. Дело замяли. Но Малдер и Скалли решили не сдаваться, а продолжить свою работу. Вместе бороться за будущее.

Через некоторое время Курильщик и его коллега уже обсуждают свои дела на новой кукурузной плантации, где строятся новые пчелиные купола. В этом поле строятся новые купола для выращивания пчел. Для чего они ставят столь страшный эксперимент над человечеством? Чего добиваются члены Консорциума? Ответы на эти вопросы остоются неразгаданными. Истина, по-прежнему где-то там, в далеке.