Отец Фокса Малдера и Саманты (данная информация часто ставится под сомнение), муж Тины Малдер (в разводе примерно с 1974 года). В молодости он работал в госдепартаменте, и еще в 1952 году начал ввязываться в разные темные истории (Travellers); к 90-м годам уже вышел в отставку.

Впервые появляется в эпизоде Colony, когда он холодно встречает сына при "воссоединении семьи". Когда Малдер возвращается с вестью, что его вновь обретенная сестра погибла, отец обрушивает на него весь свой гнев: "Ты хочешь сказать, что потерял ее снова?" (End Game). Из чего можно сделать вывод, что тогда, двадцать с лишним лет назад, Билл Малдер обвинил в исчезновении Саманты своего двенадцатилетнего сына... Тем не менее очевидно, что тот продолжал любить отца и пытался заслужить его одобрение.

Позже, в эпизоде Anasazi, из его разговора с Курильщиком выясняется, что злейший враг Фокса Малдера и его родной отец - старые друзья и коллеги. Они работали вместе над неким секретным проектом (информация об этом проекте содержалась на цифровой кассете, где ключевым было слово "merchandise", "товар", под которым подразумевались люди - или пришельцы, - над которыми проводили эксперименты), и Саманта была похищена, чтобы гарантировать молчание Малдера-старшего. В конце концов он решает облегчить свою совесть и покаяться перед сыном, но его успевает подстрелить наемный убийца (скорее всего, это был Крайчек - он присутствовал при убийстве, это точно, но неизвестно, был ли он убийцей). Умирая, Билл Малдер успевает сказать сыну только "прости меня".

Эпизоды

2 сезон

Colony / End Game / Anasazi

3 сезон

The Blessing Way / Talitha Cumi

5 сезон

Travellers